Muzej hrvatskih arheoloških spomenika utemeljen je 24.08.1893. u Kninu pod imenom Prvi muzej hrvatskih spomenika sa ciljem da u njemu budu pohranjeni spomenici arheološke baštine Hrvata iz razdoblja srednjeg vijeka.
Zahvaljujući djelatnosti franjevca Luje Maruna u to je doba bio sakupljen već znatan broj spomenika koji su se čuvali u samostanu Sv. Ante u Kninu, pa je za potrebe Muzeja podignuta nova zgrada na mjestu porušenog istočnog krila tog samostana.
Zbog prevelikog broja spomenika Muzej je 1912. godine preseljen u susjednu kuću Fontana, a 1933. godine u za to posebno adaptiranu kuću na kninskoj Tvrđavi.
Početkom Drugog svjetskog rata, zbog upotrebe kninske Tvrđave u vojne svrhe, tadašnji ravnatelj Muzeja Stjepan Gunjača muzejske predmete tajno prebacuje u Sinj, gdje su ostali do 1945. godine. Ova odluka uskoro se pokazala ispravnom jer je već 1943. godine zgrada iz koje su spomenici bili sklonjeni porušena u bombardiranju.
Godine 1946. za potrebe Muzeja započela se graditi nova zgrada na tvrđavi u Klisu, ali se zbog izoliranosti lokacije odustalo od te zamisli, pa su spomenici preseljeni u Galeriju Meštrović u Splitu.
Godine 1955. Muzej dobiva prostorije u barakama bivše tvornice cementa na splitskoj zapadnoj obali gdje se trebala podići nova muzejska zgrada. Tu je 1958. godine ponovno za javnost otvoren muzejski stalni postav, ali samo do konca 1960., kada se odustalo od gradnje na spomenutom mjestu.
Napokon je 1968. godine donešena odluka o podizanju muzejske zgrade na današnjoj lokaciji u Splitu na Mejama. Zgrada je sagrađena prema projektu arh. M. Kauzlarića i službeno je otvorena 05. 12. 1976., a stalni postav 25. 07. 1978. godine.